はてな記法のpre記法について

ちょっと疑問点が。
はてな記法に「pre記法」というのがありますが、このpre記法中に半角の（（））がある場合、それらが注釈として表示されてしまいますね。。プログラムのソースなどをpre記法で記述したりすると思うんですが、（（））のようなケースって結構あると思うのですが、どうなんでしょうか。。。ううむ。